房颤的患者发生脑中风的风险很大。主要是房颤附壁血栓脱落，造成血栓栓塞，最常见的是造成脑栓塞。房颤患者的栓子，主要是来自左心房的附壁血栓，多在左心房左心耳部，血栓的形成主要是因为心房失去收缩力，血流淤滞所导致。
所以，对于心房颤动的患者，要长期给予口服抗凝治疗。抗凝药物可以选择华法林或新型口服抗凝药物：达比加群、利伐沙班、阿哌沙班等。
有些患者也可以给予经皮左心耳封堵术，预防脑中风和体循环栓塞。