脑血栓发作后会引起脑细胞和神经元细胞不同程度的坏死，坏死后脑组织会被吞噬细胞吞噬，由脂肪组织所充填。其次，脑血栓发病后会导致邻近的神经元细胞出现萎缩，脑实质细胞越来越少，而导致萎缩的现象。
脑萎缩是不能够治愈的，在临床当中主要是针对原发病进行治疗。脑血栓导致脑萎缩，首先应进行抗血小板聚集，稳定斑块治疗。
其次，进行基础病的治疗，例如糖尿病、高血压、冠心病等，可以口服一些脑细胞活化的药物，例如奥拉西坦、茴拉西坦等。