脑萎缩有可能会引起脑血栓，但是脑萎缩本身不会导致脑血栓。
脑萎缩形成的原因很多，比如遗传因素或长期癫痫发作、长期烟酒过度、营养不良、甲状腺功能疾病或煤气中毒、缺氧，都会引起脑实质的破坏和神经细胞萎缩、变性、消失而导致脑萎缩。临床上长期的高血压、高血脂、糖尿病等，也会导致脑内的小动脉硬化，也是老年脑萎缩的重要危险因素。
如果患者有高血压、血脂异常、脑动脉的硬化，也容易导致患者出现腔隙性脑血栓，但脑血栓不是因为脑萎缩引起，而脑血栓以后，容易导致脑萎缩。