肛周脓肿形成的原因有以下几个：
第一、肠道菌群失调，当肠道菌群失调的时候，正常的条件致病菌就有可能大量的繁殖，以及异位，就会导致肛周脓肿的产生。
第二、肛窦及肛腺，当肛窦局部有炎症时就会堵塞肛腺，肛腺感染产生肛腺炎，而肛腺炎经肌肉的间隙以及淋巴管就有可能会蔓延，导致肛周脓肿。
第三、肛周间隙，肛周间隙是肛周脓肿最终发病部位。
第四、医源性损伤，血型传染等等，有些肛门局部的手术以及其他部位的感染，有可能导致肛门周围局部间隙的感染，而引发肛周脓肿。