角膜炎的治疗原则是控制感染，减轻炎症反应，促进溃疡愈合和减轻瘢痕形成。
细菌性角膜炎选用敏感的抗生素药物进行治疗；真菌性角膜炎多采用联合用药的方法，提高疗效，病情严重者，可以配合全身用药；单疱病毒性角膜炎使用抗疱疹病毒药物治疗，防止复发，药物治疗无效，溃疡穿孔或即将穿孔，应采取包括角膜移植在内的手术治疗。
结膜炎首先针对病因治疗，局部给药为主，必要时全身用药，急性期禁忌包扎患眼。治疗结膜炎最基本的给药途径是频繁的滴眼药水，选用敏感的抗生素或者抗病毒眼药水治疗细菌性或病毒性结膜炎；结膜囊分泌物比较多时，可以冲洗结膜囊。