流黄鼻涕和清鼻涕是有着明显的区别。
首先，引起的病因和机理有明显不同。流黄鼻涕多见于细菌感染上呼吸道而引起的相关疾病，例如出现细菌性鼻炎、鼻窦炎的患者，因鼻腔内有脓性分泌物的形成，使患者出现流黄脓鼻涕。而流清鼻涕一般其上呼吸道无细菌感染，有可能是普通病毒性感冒引起的其他症状。还有部分过敏性鼻炎因接触刺激性粉尘、油烟，或过敏原等，诱发鼻黏膜充血、水肿而引起。
此外，两者治疗上是有着明显区别。流黄鼻涕的多需要加用抗生素的消炎治疗，配合必要的局部处理。如果是感冒引起的流清鼻涕，可以口服感冒药物治疗。过敏性鼻炎引起者可以使用氯雷他定等抗组胺类药物、联合曲安奈德鼻喷雾剂等治疗。