霉菌性食管炎主要是由白色念珠菌感染所致。念珠菌广泛存在于自然界中，正常人皮肤、口腔、肛门、阴道中都可分离出该菌，但以消化道带菌率最高约占50%，但一般情况下不会导致食管炎。
当机体状况发生一定变化，如长期大量使用广谱抗生素、长期接受激素或抗肿瘤药物治疗、慢性病及营养不良导致机体抵抗力低下、宿主和微生物之间的动态平衡发生紊乱、机体免疫功能受损，均能发生霉菌性食管炎。
食管炎应防治相结合，特别应预防医源性因素所致的感染，严格掌握抗生素、激素使用的适应症，以减少及该病的发生。
治疗方法用中药云南白药、大蒜素等治疗，西药制剂霉菌素、酮康唑、伊曲康唑等抗霉菌治疗均有效果。