肛门脓肿排出脓液后大多数患者局部只能部分愈合，并不能完全愈合。
因为肛门脓肿自行破溃排出脓液以后，绝大多数会发展成为肛瘘，会出现肛门周围反复的肿痛以及流脓症状。在肛门周围皮肤会有一个外口，大小大多在一公分之内，表现为肛门周围的肉芽肿，挤压以后会有脓液流出。外口和直肠内的肛腺是相通的，后期直肠内的污染物质会持续不断的进入，引发瘘管内反复的感染，所以并不会完全愈合。
后期需要在三个月以后再行肛瘘根治性手术才能完全治愈。