弓形虫病的后遗症情况与感染形式、弓形虫侵袭度以及个体免疫能力有关。
如果为成人感染弓形虫病，同时本身免疫能力相对较强，则通过规范治疗，大部分可痊愈，一般不遗留明显后遗症。如果为先天性弓形虫病，其治疗结果存在较大的不确定性。如胎儿感染程度较轻，经治疗可不遗留明显后遗症。
但如合并明显眼病、脑病等情况，可遗留相关的后遗症，甚至导致胎儿死亡。一般建议怀孕期间需要注意个人卫生工作，减少与各种动物的接触，以减少感染概率。