孕妇查出弓形虫需要根据孕周的不同予以不同的处理。
在早孕期查出弓形虫，弓形虫有引起流产、死胎、出生缺陷、智力低下等后遗症，一般这种情况建议行人流手术，术后予以抗弓形虫的药物治疗。
对于在孕中期检查发现弓形虫感染，也有引起死胎、早产、脑积水、小眼球、智力发育障碍、视网膜病变、肝脾肿大等严重的后遗症，就需要孕妇及家属综合评估，如果继续妊娠，一般需要予以抗弓形虫的药物治疗，一般需要足量，同时分娩后的新生儿外观无异常，也需要予以抗弓形虫药物治疗1周。
因此对于女性在备孕前就需要排除感染弓形虫的可能，在孕期不要去接触各种宠物，避免感染弓形虫，导致胎儿的发育异常。