肌肉肌腱损伤经过系统治疗和休养，大多数情况下都是可以恢复的，但是有些严重情况下也可能会导致后遗症产生。
如果肌肉肌腱损伤并不严重，经过相应消炎镇痛、活血化瘀、制动休息、物理治疗等治疗手段，一般在2~3周可以恢复，并逐渐地恢复正常的肌力和功能。
如果肌肉肌腱损伤非常严重，比如广泛断裂、撕裂、碾挫、血液循环遭到破坏，或者是产生继发感染等并发症。这种情况下即使经过相应的休养和治疗，也有可能会造成肌肉肌腱的不生长、不恢复、瘢痕连接、挛缩等病理改变。从而会造成相应的肌肉肌腱的功能障碍，产生肌肉力量下降、运动功能障碍等后遗症。