进行结肠镜检查时存在较低的造成肠穿孔的风险。
因为结肠镜检查在操作的过程中，是需要将检测镜从肛门纳入体内，随着人体肠道的走行，进入直肠而到达大肠，并且对这段肠壁的变化情况进行观测。如果患者的肠壁本身就存在炎症及溃疡等情况，在非常脆弱的情况下，有较低的可能在检查的过程中出现肠穿孔或出血等并发症。
一般情况下，如果医生进行结肠镜检查的过程中严格按照规范操作，且经验丰富，是不会出现肠穿孔情况的，因此进行肠镜检查需要去正规医院。