肛周脓肿通常不能自愈，因为它属于肛门腺感染引发的肛管周围出现了化脓性感染，感染一旦发生很难自愈。
如果为轻微的肛周脓肿，患者可通过抗炎保守治疗，使临床症状逐渐好转消失，但仍旧会残留一定的炎性包块，在患者免疫力降低时，容易再次引发脓肿。所以确诊为肛周脓肿，要想达到根治，应及早进行手术治疗，通过手术切开引流，将脓液排出体外，可达到根治的目的。
如果患者不能及时治疗，可能会导致脓腔压力过度增高，致使脓肿发生破溃，或者是渗入到肛门部位的其他间隙内，造成马蹄形脓肿，使手术的治疗难度增加。