肝内胆管小结石，首先应该对结石的大小进行判断，确定结石的具体部位，进一步检查结石是否造成胆管狭窄，或者引起肝脏萎缩，再根据不同的情况选择不同的处理方式。
如果结石不太严重，可以服用一些消除胆结石的药物，保持良好的生活习惯，可以起到有效消除结石的作用，也可以选择一些中药治疗。
如果结石相对比较严重，就应该可以将胆总管切开用胆道镜取出结石，进行脾、肝穿刺，再用胆道镜将结石取出，还可以进行手术将部分肝组织切除。