造成胚胎停止发育的原因很多。大多数胚胎发育不良，存在染色体异常造成的。也可能是在怀孕过程中，接触有辐射性的检查，比如X光和CT等，以及服用了有毒害性的药物、接触有害化学物质等，造成的胚胎停止发育。
另外，有一些母体疾病，比如甲状腺功能异常、高血压、糖尿病，或者严重的内分泌功能紊乱、黄体功能不足等都会导致胎停育的发生。
孕期检查出胎停育后尽快清宫处理，并且做详细检查确定导致胎停育的原因治疗，半年后才能再怀孕，再怀孕时做孕前检查。