肛门直肠瘘简称肛瘘，细菌感染是肛瘘形成的主要原因，首先是肛窦，肛腺出现了感染，炎症扩散到肛门直肠周围导致出现肛门直肠周围脓肿，脓肿破溃后形成肛瘘，是肛瘘形成的三个阶段。
肛瘘分类的原则是按瘘道与肛门括约肌的关系进行的，以外括约肌深部为界限，瘘道在此线以下为低位肛瘘，此线以上为高位肛瘘。
高位肛瘘又分单纯性高位肛瘘和复杂性高位肛瘘，单纯性高位肛瘘仅有一个瘘道，而且在括约肌深部以上。复杂性高位肛瘘有一个或一个以上的外口，瘘道有分支，主管道经过外括约肌深部以上，有一个或一个以上的内口。