胃食管反流病的治疗，主要缓解症状，治愈食管炎，提高生活质量，预防复发和并发症。
它的治疗包括初始与维持治疗两个阶段，初始治疗的目的是尽快缓解症状，治愈食管炎。抑制胃酸分泌是目前治疗反流性食管炎的主要措施。质子泵抑制剂是最有效的药物，质子泵抑制剂通过抑制胃黏膜壁细胞的质子泵，从而阻止胃酸的分泌来发挥作用。目前质子泵抑制剂包括：奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑和埃索美拉唑。标准剂量的质子泵抑制剂通常为1片/粒，可使多数患者的烧心症状在5天内缓解。部分患者症状和食管炎比较严重，症状控制不满意时可加大剂量或换一种质子泵抑制剂。
它的治疗疗程为8~12周，质子泵抑制剂对糜烂性食管炎的愈合率为80%~90％。还有是H2受体拮抗剂，仅适用于轻至中度反流性食管炎的治疗，包括西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁等等，对糜烂性食管炎愈合率为50%～60%。
GERD的治疗中，抑酸治疗效果不佳时，考虑联合应用促动力药物，如多潘立酮，也就是吗丁啉、莫沙必利等，特别对伴有胃排空延迟的患者效果好。