临床上肿瘤标志物主要通过抽血化验进行检查，抽血化验需要在清晨空腹状态下进行，并且检测前尽量不要服用药物，以免对检测结果造成干扰。
肿瘤标志物检查项目包括的种类很多，临床上根据恶性肿瘤发生部位不同，以及恶性肿瘤病理类型不同，分别选择需要检测的肿瘤标志物项目。例如乳腺癌可以检查糖类抗原153、癌胚抗原等项肿瘤标志物；原发性肝癌需要检测甲胎蛋白、癌胚抗原等指标。
卵巢癌需要检测糖类抗原125、糖类抗原199，以及癌胚抗原等指标；腺癌检测糖类抗原125等指标，神经内分泌癌检测神经元特异性烯醇化酶等指标。