宝宝发烧体温39.3℃对孩子的大脑是否有影响，要结合孩子的具体病情去进行分析。
如果导致孩子发烧的疾病跟呼吸道疾病有关，如孩子是存在着上呼吸道感染、支气管炎、支气管肺炎疾病，导致体内存在着炎症反应而出现有发烧，这种情况是不会对孩子的大脑造成影响的。另外如果孩子发烧是跟消化道的疾病有关系，也是不会对孩子的大脑造成影响。
但是如果导致孩子发烧是跟中枢神经系统感染性疾病有关，如是病毒性脑膜炎或者细菌性脑膜炎导致的反复发烧，甚至还合并出现有反复抽搐的情况。这时候有可能就会导致孩子的脑细胞受到损伤，所以在恢复期间有可能会留下孩子的智力发育障碍、瘫痪等一系列的后遗症。