绝大多数的肛周脓肿都会发展为肛瘘。当肛周脓肿破溃或者经手术切开引流后，破溃口以及手术切开的引流口，就会变成肛瘘的外口，外口一般不会出现愈合，会有持续的反复流脓，即使出现了愈合，后期因为瘘管内的感染，也会再次破溃流脓。
如果肛周脓肿外口没有破溃或者没有行切开引流，通过保守治疗脓肿局部炎症出现了吸收，症状消失也并不代表脓肿已经治愈了，会变成一种特殊类型的肛瘘，称之为内盲瘘，没有外口有内口的肛瘘。
无论是哪种情况，最终都需要通过手术治疗，才能完全治愈。