小针刀后遗症主要包括有术后粘连而影响关节功能，损伤到神经后会影响局部感觉以及肢体功能，局部感染以及损伤到血管引起出血、血肿的形成等。
小针刀治疗具有创伤小、恢复快、痛苦少等优点，但是小针刀不像传统开刀那样可以在直视下进行操作，容易对周围组织造成损伤，这与手术者的经验以及技巧有很大关系。
如果局部皮肤有感染者，凝血功能异常，合并有严重的心脑血管疾病者以及病变部位有重要的血管神经时，通常不能进行小针刀治疗， 最好到正规医院进行治疗。