小针刀治疗的后遗症有很多。
首先，最严重的后遗症就是损伤神经或者是血管，例如在进行肩关节周围炎针刀治疗时损伤腋动脉或者是臂丛神经。在进行枕骨下针刀治疗时进针过深，误入延髓或者是小脑。
其次，在进行小针刀操作的过程中，如果消毒措施不严格，无菌观念不强，会使针刀治疗部位发生感染，严重者可能产生脓毒血症而危及患者生命。
最后，在进行小针刀治疗时，如果医生对解剖不熟悉或者是针刀知识掌握不严格，在操作过程中会使局部产生炎性渗出，最终会引起瘢痕或者是粘连，会影响到患者关节正常的功能。