单凭肛门刺痒并不能诊断是肛瘘，单纯的肛门瘙痒有可能是残留的大便刺激肛门周围的皮肤引起，蛲虫感染也会出现肛门处的瘙痒感。
而肛瘘患者虽然也可以出现肛门处的瘙痒，但是更为重要是肛门周围会有流脓、疼痛等症状，并且可在肛门周围摸到条索状的硬结，部分患者还会出现流血、贫血、体重降低等表现。
肛瘘是直肠与肛门皮肤相通后所形成的一个或多个通道，它多是由于肛门直肠周围的脓肿自行破溃或行切开引流后造成，肛门指诊和视诊即可明确诊断。