扁桃体发炎可能是细菌感染导致，但也不排除存在病毒或支原体感染的可能性。
根据临床观察发现，细菌是引发扁桃体发炎常见的一种病原体。患者发病期间如果扁桃体红肿疼痛较为明显，多考虑存在细菌感染。如果存在脓性分泌物可以基本确诊存在细菌感染，并且以化脓性链球菌感染为主。必要时可以通过血常规检查来判断是否存在细菌感染。
如果血常规检查显示白细胞或中性粒细胞明显升高，多考虑存在细菌感染。如果单核细胞和淋巴细胞计数升高，考虑病毒感染的可能性较大。