肛瘘是肛管直肠周围脓肿的后遗症，其引起的原因主要有以下几种：
一、肛管直肠周围脓肿是形成肛瘘的最主要原因，95%以上的肛瘘皆由此引起，是由污染粪便滞留肛隐窝产生肛腺炎引起。
二、直肠肛门的损伤，由于外伤，吞咽骨头，局部检查损伤了肛管直肠，细菌侵入伤口引起。
三、肛裂，反复感染可并发皮下瘘。
四、会阴部手术，内痔注射误入肌层，或手术后感染，产后会阴缝合后感染等可波及肛门直肠，引起脓肿及肛瘘。
五、溃疡性结肠炎、克罗恩病、结核、血行感染等也可引起肛瘘。