肛周脓肿如果位置比较高，就属于高位肛周脓肿。这种脓肿因为位置比较高，手术起来就比较困难，很多不能一次性根治，必须进行多次手术才能将其根治。肛周脓肿的手术方式一般是将脓腔位置确定好，然后切开脓腔，将大部分的脓液及坏死组织清除掉。如果脓腔的范围很大，必要时还需要放置冲洗管。
因为高位的肛周脓肿位于肛门括约肌上方，由于肌肉的阻碍，脓腔内的脓液不能容易充分引流出来。因为残留的脓液持续存在，很可能逐步发展成为高位的肛瘘。
所以治疗高位的肛周脓肿，最好分次进行手术，先清除脓液及坏死组织，大约十天至两周后再手术探查。如果有残留的脓腔未愈合，可再次将其打开充分引流，这样多次才能保证脓腔彻底愈合。