肛周脓肿要达到一次性根治存在难度和争议，多采用肛周脓肿切开引流，形成肛瘘时再手术，多可达到根治目的。
肛周脓肿的手术治疗多采用切开引流的方式，在决定脓肿一次性根治时，一定要根据患者的体质、脓肿位置、危险因素、是否能引起蜂窝组织炎等，做好术前风险评估。
因为一次性根治脓肿，要尽可能同时处理感染的肛隐窝。但是因为感染引起组织水肿，寻找内口和瘘管难度很大。在探查时，因为组织发炎变脆，容易造成假道和创伤，使炎症扩散，形成蜂窝组织炎，一定要小心谨慎。