两者病因不同。
新生儿窒息可以表现为新生儿呼吸暂停，新生儿呼吸中枢发育不全、缺氧、感染、神经系统的疾病都可以导致呼吸暂停。新生儿窒息是指在宫内或产时缺氧引起的新生儿出生后不能正常自主呼吸。
凡是影响胎儿或者新生儿气体交换的因素，都可以导致新生儿窒息，比如胎盘功能异常、脐带脱垂、脐带打结、心肝肾等器官严重器质性疾病或者重度贫血、高血压、重度窒息留有中枢神经系统的后遗症，需要进行康复训练。
呼吸暂停是指早产儿呼吸停止超过20秒或者足月儿呼吸停止超15秒，或者呼吸停止没有超过15~20秒，但是伴有心率减慢，出现皮肤青紫、肌张力减低的表现，这是一种比较严重的现象，时间长会对神经造成损害。