功能性胃肠病本身不会直接导致失眠，但是很多功能性胃肠病的病人会合并失眠症状。
功能性胃肠病的病人可以有腹痛、腹胀、早饱、恶心、呕吐等、但是都不是特征性的临床表现，临床上各种辅助检查多没有异常发现。功能性胃肠病的病人很多有生活中的负性事件，50%的病人存在焦虑、抑郁等心理障碍，常常会合并有失眠。
因此，在功能性胃肠病的治疗过程中，除了建立良好的生活习惯、饮食规律，避免烟酒和刺激性食物外，精神心理治疗是功能性胃肠病治疗中的重要部分。应该根据不同的特点进行心理治疗，使病人认识到调整生理秩序、稳定心理情绪在改善症状中的重要作用，必要时需要加用治疗失眠的药物以及抗焦虑和抗抑郁的药物。