空腹吃药肠胃不舒服需要根据原因对症处理。
1.药物对胃肠道黏膜的刺激。由于在空腹时服用药物可以直接使药物与胃黏膜相接触，所以有些具有刺激性的药物有可能会造成胃部的不适症状。这种情况可以选择将药物的服用时间改为餐后，或者与饭同服。不过具体情况还是要根据药物的药理性质来调整。
2.药物对胃肠道的作用。由于某些药物的作用机理会影响胃肠道的功能或者胃肠道的蠕动能力，因此在服用某些药物之后会出现胃肠道不适症状。有可能是胃酸、胃胀、胃痛，也有可能是恶心、呕吐。这种情况只能够通过减量或者是停药来改善症状。
3.肠胃疾病导致。有些疾病会出现空腹痛，比如十二指肠溃疡。这种疾病通常不是由于空腹服药引起的，而是在空腹的时候就会出现明显的胃肠道不适症状。其实此时需要增加治疗十二指肠溃疡的药物。