临床上乳头状囊腺瘤主要以病变部位的肿块为首发症状。大多患者可以通过手术切除得到很好的治疗效果。切除肿瘤及周围的正常组织，而不是单纯的切除肿瘤，这样可以大大降低复发的概率。
对于已经合并有皮肤感染的患者，应在积极抗感染之后，感染灶稳定后进行手术切除，避诱发感染加重。其它治疗主要是根据检查结果进行对症支持治疗。
如果是在早期一般手术后可以不做放化疗，要根据每个人的病情和体质来进行选择治疗方案，一般这种疾病，大多是由于乳腺增生和乳腺炎长时间不做治疗，慢慢发展而来的。