呼吸道感染最有效的抗生素与感染的致病原有关，呼吸道感染可以由不同种类的致病原感染引起，并不是使用抗生素均有效。例如由病毒感染下呼吸道形成的病毒性肺炎，特别是近期暴发流行的新型冠状病毒肺炎，此时抗生素是无效，而且目前也无特效的抗病毒药物。
如果是结核分枝杆菌感染导致的肺结核，使用抗生素治疗效果也不佳，患者多需要针对性的使用抗结核药物治疗。当然如果下呼吸道感染是由细菌感染导致的，例如肺炎链球菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯杆菌等，此时针对药敏实验选择敏感的抗生素抗炎治疗。
如果是支原体、衣原体、军团菌感染引起的，此时使用青霉素类和头孢菌素类药物是无效的，患者需要使用氟喹诺酮类、大环内酯类有效的抗生素治疗。故呼吸道感染的治疗，一定要针对感染的致病原，选择针对性的抗感染药物治疗。