拔智齿第三天比前两天疼可能是拔牙的部位感染引起的症状。
如果拔牙后不及时进行止血，导致流血的时间延长，伤口长时间处于开放的状态，再加上不注意局部保持口腔内部的卫生，而引起细菌滋生，此时很容易引起炎症。如果第三天处于炎症的急性发作期，会引起伤口的肿痛，症状会比前两天严重。
另外，还可能是干槽症引起的，如果疼痛剧烈，并且疼痛放射到了耳颞部，可能是由于刺激导致了凝血块脱落。进而引起了干槽症出现的症状，多发生在拔牙后的第三天。