脑血栓治疗后出现咳嗽、吞咽困难等症状，是属于脑血栓所导致的神经功能障碍。
患者发生脑血栓以后，如果血栓的部位位于在脑干或双侧的大脑半球，就会导致皮质脑干束、疑核或其发出的舌咽神经、迷走神经受损，患者可出现吞咽困难、饮水呛咳、咳嗽、咳痰困难等，这是由于吞咽相关结构的肌肉受皮质脑干束、疑核、舌咽神经及迷走神经支配，脑血栓导致相关神经受损，就会出现相对应的症状。
如果患者是延髓血栓导致的真性球麻痹，症状很难改善，需要半流质饮食，必要时插胃管，咳痰困难、需要给予吸痰治疗。如果是其余部位血栓导致的假性球麻痹，等患者进入脑血栓恢复期，症状会慢慢恢复。