治疗生殖器疱疹选择药物，主要选择抗病毒的药物，以及免疫调节剂进行治疗。因为这种疾病主要是由于疱疹病毒感染，导致的局部皮肤病变，可以局部涂抹阿昔洛韦软膏或者是干扰素凝胶，同时可以静脉点滴更昔洛韦注射液、维生素c注射液，也可以配合服用转移因子口服液或者是肌肉注射干扰素注射液，进行调节免疫和抗病毒的作用。由于这种疾病有很强的传染性，所以在疱疹发病期间，避免进行性行为，预防造成交叉感染。个人的用具也应该单独使用，并且热水煮沸消毒之后日光暴晒。