卵巢巧克力囊肿能够怀上孩子，但是几率比较小。
因为卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的其中一种临床症状，主要是由于子宫内膜异位在卵巢上，而导致的卵巢巧克力囊肿的形成，这种症状通常会出现下腹疼痛、痛经、不孕、性交不适等症状。
因为卵巢巧克力囊肿由于随着子宫内膜周期性脱落出血，导致囊内压力逐渐增大，囊壁反复破裂，而破裂后的囊液会刺激腹膜产生炎性反应以及出现腹腔内组织的纤维化，导致进一步的卵巢和盆腔周围脏器的紧密粘连，这种粘连造成了卵巢的排卵以及输卵管拾卵的困难，而进一步影响了怀孕。