肛瘘也可以采取保守治疗。对于一些无法耐受手术、没有手术条件的患者，或者已经多次手术仍然无法治愈的肛瘘患者，就可以采取保守治疗。主要在肛瘘出现急性感染症状时，通过使用抗生素控制局部的感染症状，并且平时注意饮食、排便习惯以及生活习惯，防止肛瘘出现急性感染。
但肛瘘采取保守治疗，仅能控制肛瘘急性发作的症状，并无法完全治愈肛瘘。
目前手术治疗仍然是肛瘘的首选治疗方法，除非是以上的一些情况可以采取保守治疗，不然肛瘘患者都应该及时行手术治疗、治愈肛瘘。