胃窦糜烂是一种良性疾病，规范治疗后能够治愈。
这类患者可以口服质子泵抑制剂和保护胃黏膜的药物，适当应用一些促进黏膜修复的药物。口服一段时间药物后，糜烂的胃黏膜能够愈合。
之后需要注意调整饮食，吃清淡容易消化的食物，不要吃辛辣、刺激和难消化的食物，更不要暴饮暴食，否则胃窦黏膜还会出现糜烂。
如果这类患者长期服用阿司匹林、氯吡格雷等抗血小板药，建议联合服用保护胃黏膜的药物，否则长期也会导致胃黏膜多发糜烂，甚至溃疡形成。
部分胃窦糜烂是因为感染幽门螺杆菌导致的，根除幽门螺杆菌后，糜烂也会愈合。