自身免疫性疾病有可能会引起白细胞减少，比如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮、干燥综合征等。
自身免疫性疾病引起白细胞减少的时候，主要是由于自身免疫性疾病可以产生自身抗体或者是T细胞街介导，有可能会损伤中性粒细胞分化的各个阶段，使中性粒细胞生成减少。另外自身免疫性疾病引起白细胞减少，也有可能会使中性粒细胞在血液和脾脏内破坏过多。
通常情况下，对于自身免疫性疾病引起的白细胞减少，要积极的对自身免疫性疾病进行相应的检查和治疗，可以使用糖皮质激素、免疫抑制剂等。另外，也可以考虑使用一些升高白细胞的药物来进行治疗，要注意积极的防治感染。