男士小便刺痛常见于急性尿道炎，由于受到细菌、病毒等病原菌感染后，可导致尿道黏膜充血、水肿，甚至产生糜烂、渗出等症状，在排尿时尿液会对受损的尿道黏膜形成刺激，进而表现出小便刺痛感。
也可能为急性膀胱炎所致，由于膀胱部位存在炎症感染，炎性产物不断对膀胱形成刺激，致使膀胱黏膜受损，也会造成小便时刺痛，还可伴有尿不尽、尿急、尿频，以及小腹部坠胀、疼痛等症状。
此外，还可能为尿道结石所致，由于结石对尿道黏膜形成刺激，可引起小便时刺痛，还可伴有尿液分叉、肉眼血尿等表现。