自然流产最常见的并发症就是出血、感染，出现炎症，继发出现盆腔炎、盆腔粘连，流产之后子宫恢复差，出现子宫内膜炎、月经不调、继发性不孕不育等。
大多数但流产的患者都能够完全流产干净，只有少部分的患者在流产之后出现宫腔内残留物。
少量的宫腔内残留，一般需要服用流产药物，促进残留物排出，需要肌肉注射缩宫素，口服益母草颗粒等。大量的残留需要行刮宫术治疗，在刮宫的过程中属于二次损伤。
在流产的过程中，如果阴道流血时间长，有妊娠组织残留于宫腔内，有可能会造成宫腔感染。严重的感染可以扩展至盆腔、腹腔甚至全身，并发盆腔炎、腹膜炎、败血症、感染性休克等。