自主性高功能性甲状腺腺瘤的治疗，其实最主要还是针对甲亢的治疗，可以选择的有抗甲状腺药物的治疗，还有碘131治疗以及手术治疗。抗甲状腺药物治疗，可以选择甲巯咪唑或者是丙硫氧嘧啶，这两个药物治疗疗效是相似的。但是丙硫氧嘧啶还有抑制T4向T3转化的作用，抗甲状腺药物治疗有部分患者可以完全治愈，还有部分患者可能会在治愈以后再次复发。
碘131治疗和手术治疗，是通过放射性的破坏和手术破坏，从而使甲亢达到治愈的目的，这两种治疗，有部分患者可能会遗留永久性的甲减，需要给予补充甲状腺激素的药物治疗。