胎儿畸形发生的原因，有一部分是因为胎儿自身的染色体发生突变而导致的。也有一部分胎儿畸形发生的原因是和夫妻双方的染色体问题有关，存在一定的遗传性。
有的胎儿畸形问题的发生，是因为女性在备孕期和怀孕早期有过接触不良的物质，比如各种化学品或者是各种药品等，或者长期吸烟、酗酒。
也有的是有各种病毒感染相关，或者是存在血糖高或者是各种内分泌失调等，而影响到了胚胎的发育，是有可能会导致胎儿畸形的几率增高的，所以在备孕期和怀孕早期要需要从这些方面注意预防的。