幽门螺杆菌患者可以吃益生菌，幽门螺杆菌感染的患者可能存在肠道菌群失衡。肠道益生菌减少而一些有害的肠道菌群增加，这类患者可以口服一些肠道益生菌制剂，比如乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等调节肠道菌群治疗。
值得注意的是，如果患者同时口服根除幽门螺杆菌的药物治疗，吃益生菌时要和阿莫西林等消炎药隔开来吃。根除幽门螺杆菌之后，还可以口服一段时间的益生菌制剂。
幽门螺杆菌治疗结束后，1个月左右可以复查碳13或碳14呼气试验。如果没有根除，可以3~6个月之后换用其他方案再次根除。