肛瘘发病后任何的保守治疗措施均不能根治，抗生素只能暂时缓解肛瘘的症状。
肛瘘是由内溃口、外溃口以及皮下瘘管三部分组成，只有将这三个组成部分全部去除或破坏，才能够治愈肛瘘。因此，没有任何的一种药物能够治愈肛瘘，手术是唯一有效的治疗措施。
肛瘘常可以引起肛门反复的红肿、破溃流脓，严重影响日常的生活和工作，如果患者暂时不能行手术治疗，可以口服或者静滴抗生素抗感染治疗，肛瘘的临床症状可暂时缓解，等闲暇时再行肛瘘手术治疗。