多数情况下，膀胱结石与尿道结石，是由肾脏的结石通过输尿管而排至膀胱内与尿道内。也有少数情况是因为排尿困难，膀胱内自行形成的结石，比如老年男性有前列腺增生，出现了排尿困难，膀胱内有大量的残余尿量，同时经常反复感染，就容易形成膀胱结石，这种结石往往不是肾脏的结石掉至膀胱内的。
也有可能是插入导尿管，由于导尿管是异物，刺激膀胱而产生膀胱炎，就容易形成因为插导尿管而导致结石的形成。这种结石也是因为导尿管、尿路感染在膀胱内自行形成，与肾结石没有关系。当然，膀胱内的结石如果排至尿道内，结石又比较大的话，那么这种结石停留在尿道，成为尿道结石，一般情况下，尿道结石不会自行形成。