肛瘘术后小洞长不上应首先考虑是肛瘘复发，主要是由于手术过程中遗漏了内口或者瘘管的处理所引发的，局部还会出现反复的渗液或者流脓情况。术后早期患者可以积极地通过换药以及局部使用药物等治疗方法促使愈合，如果术后三个月仍然无法愈合，就需要考虑再次手术治疗。
当然，也有可能是患者在术后出现假性愈合导肛瘘复发，因为肛瘘切口偏深，手术切口内肉芽没有完全填满切口，而出现了皮肤愈合时就会导致假性愈合，使肛瘘出现复发。
患者可以将过早愈合的皮肤分离并配合换药治疗，如果已经无法分离，也需要三个月后进行手术治疗。