蓝光照射作为新生儿祛黄疸的一种方法，会有一些轻微的副作用，比如发热、腹泻、皮疹、青铜症等。
一般不影响孩子生长发育，停止照射以后症状会慢慢的消退的。因为蓝光可以使体内的非结合胆红素转化为水溶性结构，利于排出体外，可以明确的褪黄，效果快疗效显著。比起轻微的副作用，在黄疸的时候还是首选蓝光照射退黄。
因为蓝光可以使皮肤核黄素分解，造成体内核黄素减少，所以蓝光照射超过24小时的都要补充核黄素。在照射前一定要用黑布把外生殖器和眼部遮盖，避免损伤视网膜。