支气管肺隔离症是否严重，要根据患者具体的病情来定。
部分患者有可能无明显症状，特别是叶外型肺隔离症较为多见，此时患者疾病并不严重，有时患者仅于体检时发现。
但在支气管肺隔离症有反复发生局部肺组织感染时疾病是严重的。因为此类患者有反复的肺部感染，常常引起相应的并发症形成，例如患者出现咯血、营养不良。有时因严重的肺部感染可继发肺炎旁胸腔积液或脓胸，少数患者还可以引起气胸等并发症。少数患者还可以同时合并有其他的畸形，例如胸廓脊柱的畸形、肺发育不全等，亦可加重病情。少数患者还可因严重的肺局部畸形而导致局部引流血管分流，出现心力衰竭而使病情严重。
故支气管肺隔离症病情轻重不一。