雾化治疗也有一定的副作用，其中包括药物本身的副作用以及雾化治疗时的不良反应。
雾化治疗是一种治疗方式，其中会使用相关的药物进行对症治疗，例如咳嗽有痰时，会针对性给予止咳或者化痰的药物，这种情况下就会出现药物所特有的不良反应。雾化治疗过程当中，有可能会导致咳嗽和喘憋症状加重。
在环境温度过低的情况下进行雾化治疗，有可能会诱发支气管的痉挛。雾化所产生的水雾进入眼结膜内，可能会对结膜造成刺激而产生不适感。